南太湖科技園所在地吳興，位于長三角中心區域，是滬、杭、寧三大城市的共同腹地。地處長三角、環太湖和杭州灣的黃金交匯點，是連接長三角南北兩翼、貫通長三角與中西部地區的重要節點。交通立體交織、四通八達，五路成網、四鐵交匯、三流貫穿、兩港聯動。

從吳興出發，可以在2小時經濟半徑內到達長三角16座主要城市。整個交通網絡也可用“五四三二”來概括：

“五”是五路成網：G50滬渝、S12申嘉湖、G25長深三條高速加104、318國道。

“四”是四鐵交匯：杭滬寧、合湖寧、湖蘇滬三條高鐵加宣杭鐵路。經杭湖寧高鐵有54個班次到北京、上海、濟南、武漢等12個省會城市。其中北京4.5-5個小時，南京45分鐘，杭州18分鐘，到上海只需要30 分鐘。

“三”是三流貫穿：長湖申、湖杭、湖嘉三級航道構成了國內第二大內河航運系統，年集裝箱吞吐量18.5萬標箱，通達全球2700多個港口和地區。

“二”是兩港聯動：周邊的上海浦東、虹橋、杭州蕭山、南京祿口等國際機場和上海、寧波、舟山、乍浦等國際港口均在1-2小時車程半徑之內。